Pymol Scaricare

Scarica l'ultima versione di PyMOL per Windows. Vsualizzare modelli molecolari per progetti scientifici. PyMol è uno strumento complesso progettato per i. hikosan-slopecar.info, dal quale è possibile scaricare i pacchetti di installazione per i sistemi operativi. Linux, MAC OS X e Windows. Una volta installato, è possibile. pdb, anche se con PyMol è possibile leggere moltissimi altri formati) sia già presente nel nostro computer (scaricato, ad esempio, da Protein Data Bank) e non. Nell'agosto , la DeLano Scientific, rese disponibile il download controllato di una versione precompilata di PyMOL. L'accesso a queste versioni è controllato. 7. Introduzione a PyMol PyMol (versione utilizzata: r1) PyMol è un programma di grafica e modellistica molecolare open source ed estendibile attraverso l.

June 15, PyMol, o dell'open source che guadagna Riguardo al software open source, spesso ci si chiede perche' la gente mette il proprio duro lavoro in compartecipazione con gli altri senza venderlo a caro prezzo.

In verita' con l'open source si puo' guadagnare, solo in maniera diversa dal solito. Maniera che secondo me e' di gran lunga migliore a quella tradizionale del "fatto un software, vendo il software".

Certo non ha l'impatto economico su chi produce pari a quello di microsoft, ma la speranza e' che il mercato riconosca il valore di tali imprese e che quindi le possa premiare anche economicamente. Ho un bell'esempio, appena trovato in rete, di cui mi sento di fare un po' di pubblicita': PyMOL e' un sistema, basato su Python, per disegnare accuratamente in 3D molecole complesse.

Sembra essere uno strumento molto potente, e quello che mi ha colpito e' che e' ormai usato spesso per le copertine di giornali quali Nature e Science, i cui standard, anche in fatto di grafica, sono alti.

In Pymol possibile caricare una molecola, nellesempio che segue una proteina, in diversi modi.

Uno di questi prevede che il file contenente le coordinate della proteina solitamente, un file di tipo. Il secondo approccio, pi veloce e comodo se si dispone di una connessione attiva e si conosce gi il codice PDB associato alla macromolecola di interesse, prevede lutilizzo di un plugin un programma secondario che amplia le funzioni di quello primario preinstallato in PyMol, chiamato PDB Loader Service accessibile dalla voce Plugin dallExternal GUI. Una volta selezionato, comparir la seguente finestra: Come esempio digitate al suo interno il codice 1BJ4 struttura cristallografica del monomero della serina idrossimetiltrasferasi umana in complesso con il cofattore PLP e premete Invio.

Dopo alcuni secondi, in base alla velocit della connessione, la struttura apparir sul Viewer: 2 Notate che, insieme alla struttura, nel pannello superiore dellInternal GUI comparsa una nuova linea, chiamata 1BJ4 la riga superiore, all, sempre presente, indica tutti gli oggetti visualizzati.

Vsualizzare modelli molecolari per progetti scientifici

Prima di esplorare il significato di questa linea, prendiamo confidenza con i movimenti del mouse per utilizzare al meglio PyMol altamente consigliato lutilizzo di un mouse a tre tasti; in questa esercitazione introduttiva saranno analizzati solo i comandi principali del mouse. Poniamo il cursore nella finestra del Viewer e: mantenendo premuto il tasto sinistro, ruotiamo la molecola; mantenendo premuto il tasto centrale, trasliamo la molecola; mantenendo premuto il tasto destro, applichiamo lo zoom sulla molecola; se il mouse possiede una rotella, ruotandola possiamo nascondere sezioni della molecola attraverso lutilizzo di clipping plane, piani immaginari di fronte e dietro la molecola.

Se clicchiamo con il tasto sinistro su un atomo qualsiasi della nostra molecola, il residuo corrispondente sar selezionato e nel pannello superiore dellInternal GUI comparir una nuova voce, sele: Notate che la selezione del residuo avviene perch il mouse impostato in Selecting Residues voce in basso a destra.

Cliccando ripetutamente su questo campo sulla scritta Residues potete ridefinire la selezione come Molecules, Chains, Atoms, Segments e cos via.

Se invece clicchiamo con il tasto centrale su un residuo, centreremo la visuale su di esso. Infine, cliccando con il tasto destro su un atomo non selezionato comparir un men a tendina con lelenco di una serie di azioni queste sono le stesse che si trovano nel pannello dellInternal GUI e saranno discusse pi avanti : Ritorniamo ora alla descrizione delle righe che appaiono all, 1BJ4, sele e cos via nel pannello superiore dellInternal GUI.

Queste linee descrivono gli oggetti presenti e le azioni effettuabili su di essi. Per esempio, se vogliamo far scomparire momentaneamente dal viewer la molecola 1BJ4, sufficiente cliccare con il tasto sinistro del mouse sul suo nome nel pannello superiore dellInternal GUI.

Menu di navigazione

Per far riapparire 1BJ4, sufficiente cliccare nuovamente sul nome. Accanto a ogni oggetto dellInternal GUI presente una fila di pulsanti, i quali permettono di: accedere alle azioni che sono eseguite sulloggetto tasto A, actions ; modificare la rappresentazione delloggetto tasto S, show ; nascondere le rappresentazioni delloggetto tasto H, hide ; applicare delle etichette alloggetto tasto L, label ; colorare loggetto tasto C, color; si noti che i colori di base delle proteine sono verde per il carbonio, rosso per lossigeno, azzurro per lazoto, giallo per lo zolfo, bianco per gli atomi di idrogeno e arancione per il fosforo.

Vedremo quindi, di seguito, solo quelle pi comuni. Partiamo con le rappresentazioni: PyMol consente di visualizzare la molecola in moltissimi stili, ognuno personalizzabile attraverso la voce Setting dallExternal GUI in particolare, Edit all.

Per esempio, rappresentiamo 1BJ4 come Cartoon, selezionando la voce relativa dal men del tasto S: Vogliamo adesso rappresentare il PLP come bastoncelli stick. Si tratta di un programma Java per la visualizzazione delle molecole.

7. Introduzione a PyMol

Per questo è indipendente dalla piattaforma, e vi permette di visualizzare le molecole direttamente dal browser web, o da una 'virtual machine. Pymol Per gli utenti di Python , Pymol è la suite di molecular graphics e modeling di Python.

Funziona anche se non conoscedte Python, ma dovete averlo installato sul PC. Biodesigner per PC e iMol per MacOsX Sono software interessanti per visualizzare le molecole, soprattutto per la grande qualità estetica. Li trovate su questo sito.

Chemsketch Questo è un bel software gratuito per disegnare le molecole, che ha anche una interfaccia semplice per la loro visualizzazione tridimensionale. Sembra essere uno strumento molto potente, e quello che mi ha colpito e' che e' ormai usato spesso per le copertine di giornali quali Nature e Science, i cui standard, anche in fatto di grafica, sono alti. La compagnia che lo ha prodotto e lo mantiene, la DeLano Scientific, dice che un quarto delle immagini biologiche in letteratura scientifica sono prodotte dal loro software esempi attorno.

E' un compagnia piccola, che puo' permettersi un solo salario fisso e forse due tra poco. Loro danno il software gratuitamente, e il codice sorgente e' disponibile. In Debian pymon e' un pacchetto standard che in etch si puo' scaricare facilmente con aptitude.

Lo si puo' modificare e ridistribure ma sempre citando la compagnia madre. I soldi per loro vengono escvlusivamente dalle libere donazioni degli utilizzatori.

Ma non solo in segno di gratitudine, questo non li farebbe sopravvivere facilmente. Gli utenti "paganti" acquistano diritti particolari per avere supporto specifico, e per avere gli ultimi aggiornamenti gia' compilati fermo restando la sorgente sempre aperta da poter compilare, ma non tutti sanno farlo.